Microsynténie de génomes de palmiers = Micro synténia trong bộ gien của cây cọ - Wendyam, Oubda Raphaël Nicolas (2020)
Ce projet de Master vise à développer des outils de visualisation pour les biologistes permettant de décrire la conservation de l’ordre des gènes homologues entre diffé- rentes espèces végétales. D’abord, les notions de biologie associées à ce projet ainsi qu’un état de l’art des différentes outils de visualisation en lien avec la thématique (blocs de synténie; contexte génomique) sont abordés. Puis, une présentation détaillée des outils informatiques développés sont présentés. En effet, ce projet a donné naissance à deux outils : MicroSynton pour la visualisation des relations au sein d’une paire de blocs synténiques et MicroGeco pour la visualisation du contexte génomique d’une famille de gènes. MicroGeco a été intégré avec l’outil de visualisation des arbres de gènes InTreeGreat tandis que MicroSynton sera intégré avec le navigateur de génomes JBrowse permettant de représenter entre autre des blocs de synténie. A l’issue de ce projet vingt-sept (27) nouveaux génomes de plantes dont trois (3) espèces de palmiers ont été ajoutées à la base de données de Genomicus, un navigateur de contextes génomiques dont j’ai participé au déploiement au sein de la plateforme de bioinformatique South Green. L’enrichissement de cette base de données, sur laquelle s’addosse aussi MicroGeco, devrait permettre aux biologistes de mieux comprendre l’organisation des génomes et des processus biologiques complexes qui accompagnent leur évolution en particulier dans la famille vaste des palmiers.