Các phương pháp nhanh xây dựng cây bootstrap tiến hóa - Hoàng, Thị Điệp, 1984- (2020)
Trong luận án này, với bài toán xây dựng cây bootstrap tiến hóa ML, chúng tôi đề xuất phương pháp UFBoot2 dựa trên phương pháp UFBoot với 4 cải tiến quan trọng. UFBoot2 cải thiện đáng kể tốc độ và độ chuẩn xác của giá trị bootstrap so với UFBoot. Hơn nữa, UFBoot2 có các cải tiến để xử lý đỉnh đa phân tốt hơn, giảm ảnh hưởng của vi phạm mô hình và mở rộng để phân tích sắp hàng các bộ gen. Với bài toán xây dựng cây bootstrap tiến hóa MP, luận án đề xuất phương pháp mới MPBoot để tìm nhanh lời giải chấp nhận được. MPBoot được phát triển từ ý tưởng của UFBoot với các điều chỉnh quan trọng để phù hợp với tiêu chuẩn MP: tính toán hiệu quả điểm MP cho cây trên sắp hàng bootstrap, vận dụng các kỹ thuật phức tạp cho tìm kiếm cây như cắt và ghép cây con (SPR), kỹ thuật ratchet và bổ sung bước tinh chỉnh tối ưu các cây bootstrap ứng viên. Chúng tôi đã kết hợp với Trung tâm Tin sinh Tích hợp Vienna, Cộng hòa Áo phát triển và tích hợp UFBoot2 vào IQ-TREE, được Zhou và cộng sự (2017) đánh giá là hệ thống mã nguồn mở tốt nhất hiện nay cho phân tích cây tiến hóa theo tiêu chuẩn hợp lý nhất; và phát triển phần mềm mã nguồn mở MPBoot cài đặt phương pháp MPBoot.