High-coverage whole-genome analysis of 1220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement-mediated cis-regulatory alterations

by Zhang, Y., Chen, F., Fonseca, N.A., He, Y., Fujita, M., Nakagawa, H., Zhang, Z., Brazma, A., Amin, S.B., Awadalla, P., Bailey, P.J., Brooks, A.N., Calabrese, C., Chateigner, A., Cortés-Ciriano, I., Craft, B., Craft, D., Creighton, C.J., Davidson, N.R., Demircioglu, D., Erkek, S., Frenkel-Morgenstern, M., Goldman, M.J., Greger, L., Göke, J., He, Y., Hoadley, K.A., Hou, Y., Huska, M.R., Kahles, A., Khurana, E., Kilpinen, H., Korbel, J.O., Lamaze, F.C., Lehmann, K.-V., Li, C., Li, S., Li, X., Li, X., Liu, D., Liu, F., Liu, X., Marin, M.G., Markowski, J., Meyerson, M., Nandi, T., Nielsen, M.M., Ojesina, A.I., Ouellette, B.F.F., Pan-Hammarström, Q., Park, P.J., Pedamallu, C.S., Pedersen, J.S., Perry, M.D., Rätsch, G., Schwarz, R.F., Shiraishi, Y., Siebert, R., Soulette, C.M., Stark, S.G., Stegle, O., Su, H., Tan, P., Teh, B.T., Urban, L., Wang, J., Waszak, S.M., Wu, K., Xiang, Q., Xiong, H., Yakneen, S., Yang, H., Ye, C., Yung, C.K., Zhang, F., Zhang, J., Zhang, X., Zheng, L., Zhu, J., Zhu, S., Akdemir, K.C., Alvarez, E.G., Baez-Ortega, A., Beroukhim, R., Boutros, P.C., Bowtell, D.D.L., Brors, B., Burns, K.H., Campbell, P.J., Chan, K., Chen, K., Dueso-Barroso, A., Dunford, A.J., Edwards, P.A., Estivill, X., Etemadmoghadam, D., Feuerbach, L., Fink, J.L., Garsed, D.W., Gerstein, M., Gordenin, D.A., Haan, D., Haber, J.E., Hess, J.M., Hutter, B., Imielinski, M., Jones, D.T.W., Ju, Y.S., Kazanov, M.D., Klimczak, L.J., Koh, Y., Kumar, K., Lee, E.A., Lee, J.J.-K., Li, Y., Lynch, A.G., Macintyre, G., Markowetz, F., Martincorena, I., Martinez-Fundichely, A., Miyano, S., Navarro, F.C.P., Ossowski, S., Pearson, J.V., Puiggròs, M., Rippe, K., Roberts, N.D., Roberts, S.A., Rodriguez-Martin, B., Schumacher, S.E., Scully, R., Shackleton, M., Sidiropoulos, N., Sieverling, L., Stewart, C., Torrents, D., Tubio, J.M.C., Villasante, I., Waddell, N., Wala, J.A., Weischenfeldt, J., Yang, L., Yao, X., Yoon, S.-S., Zamora, J., Zhang, C.-Z., PCAWG Transcriptome Working Group., PCAWG Structural Variation Working Group., PCAWG Consortium.
Published 2021