IN SILICO DESIGN OF HEPTOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR INHIBITOR BASED ON INDONESIA’S NATURAL COMPOUND ISOLATED FROM DIPTEROCARPACEAE PLANTS

• Main Author: NURWAHYU WIJAYA (NIM : 10508036); Pembimbing 1 : Dr. Rukman Hertadi Pembimbing 2 : Prof. Dr. , TEGAR
• Format: Final Project
• Language: Indonesia
• Online Access: https://digilib.itb.ac.id/gdl/view/17390
• Institution: Institut Teknologi Bandung

Hepatocyte Growth Factor Receptor (HGFR) adalah protein transmembran yang berfungsi dalam transduksi sinyal. Transduksi sinyal oleh HGFR melalui proses autofosforilasi pada domain kinase tirosin HGFR, dan berperan dalam penyebaran sel kanker. Penelitian ini bertujuan mendesain inhibitor kinase tirosin HGFR secara in silico dari senyawa bahan alam Indonesia dari tumbuhan Dipterocarpaceae sehingga diperoleh molekul yang potensial dikembangkan sebagai obat kanker. Sebanyak 9 senyawa (log P < 5) dari 32 senyawa alam Indonesia dihitung energi ikat terhadap kinase tirosin HGFR menggunakan program molecular docking, AutoDock Vina. Hasil molecular docking menunjukkan Diptoindonesin G (DIG) sebagai senyawa dengan energi ikat terendah, yaitu -11.0 kcal/mol. Molekul baru (DG2) dibuat dengan memodifikasi gugus hidroksil senyawa DIG menjadi gugus metil. Hasil molecular docking menunjukkan energi ikatan DG2 sebesar -11.5 kcal/mol. Simulasi dinamika molekul kemudian dilakukan terhadap molekul DIG dan DG2. Hasil simulasi setelah 2 ns menunjukkan pelemahan energi ikatan DIG menjadi -8.76 kcal/mol sedangkan energi ikat DG2 menguat menjadi -11.99 kcal/mol. Analisis interaksi ligand-reseptor setelah simulasi selama 2 ns menunjukkan kompleks HGFR-DG2 mempunyai konformasi inaktif seperti kompleks HGFR-ARQ197. Interaksi antara DG2 dan ARQ197 dengan Arg1227 menjadi kunci kestabilan konformasi inaktif HGFR. Meskipun demikian, DG2 dan ARQ197 memiliki pola interaksi yang berbeda. ARQ197 berinteraksi secara hidrofobik dengan Arg1227 sedangkan DG2 berikatan hidrogen dengan Arg1227. Dilihat dari kemiripan konformasi inaktif HGFR, DG2 diprediksi memiliki mekanisme dan sifat inhibisi yang mirip dengan ARQ197.