PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN G INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST

• Main Author: Haekal Nur Fadhilah Roch, Raden
• Format: Final Project
• Language: Indonesia
• Online Access: https://digilib.itb.ac.id/gdl/view/46657
• Institution: Institut Teknologi Bandung

Penuaan merupakan suatu proses yang kompleks dan melibatkan berbagai macam faktor sehingga terjadi perbedaan pada fungsi dan penampilan di kulit. Salah satu faktor yang berperan adalah sinar ultraviolet yang dapat menginduksi ekspresi dari cathepsin g yang akan meningkatkan matrix metalloproteinase sehingga mendegradasi matriks ekstraselular dan pada akhirnya merusak kulit. Beberapa tumbuhan seperti Curcuma heyneana, Psidium Guajava, dan Murraya paniculata secara tradisional telah digunakan sebagai kosmetik yang memiliki fungsi untuk melindungi kulit dari berbagai masalah kulit. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memprediksi aktivitas inhibitor terhadap cathepsin g dan keamanan dari beberapa senyawa yang berasal dari Curcuma heyneana, Psidium Guajava, dan Murraya paniculata secara in silico. Sejumlah 34 senyawa dikelompokkan berdasarkan asal tumbuhan diuji dengan metode penambatan molekul menggunakan program Autodock. Hasil dari penambatan molekul berupa lima senyawa yang memiliki nilai energi bebas ikatan terendah dari setiap kelompok, lima senyawa tersebut kemudian diteliti lebih lanjut menggunakan simulasi dinamika molekular dengan program AMBER dengan metode kalkulasi MM-GBSA. Keamanan dari lima senyawa tersebut dipastikan dengan cara memprediksi toksisitasnya dengan menggunakan program ADMET Predictor. (2-[3-({Methyl [1-(2-Naphthoyl)Piperidin-4- yl]Amino}Carbonyl)-2-Naphthyl]-1-(Naphthyl)-2-OxoEthylphosphonic acid) atau disebut KPA digunakan sebagai senyawa pembanding. KPA menghasilkan ikatan energi bebas sebesar -29,6078 kkal/mol sementara senyawa kandidat menunjukan hasil energi bebas ikatan dengan nilai dalam rentang -12.0316 hingga -29.8996 kkal/mol. Hasil dari prediksi toksisitas senyawa menunjukan bahwa senyawa kandidat dapat dikatakan relatif tidak toksik. Berdasarkan data yang didapat maka dapat dikatakan bahwa seluruh senyawa kandidat bersifat relatif tidak toksik dan satu senyawa yaitu guaijaverin memiliki energi bebas ikatan yang lebih rendah dibandingkan dengan senyawa pembanding.