DESAIN DAN OPTIMASI PRIMER UNTUK PENGEMBANGAN KIT DIAGNOSTIK DETEKSI HUMAN PAPILLOMAVIRUS (HPV)

• Main Author: Kezia, Immanuelle
• Format: Final Project
• Language: Indonesia
• Online Access: https://digilib.itb.ac.id/gdl/view/48423
• Institution: Institut Teknologi Bandung

Human papillomavirus atau HPV merupakan virus yang menginfeksi manusia pada bagian basal epitel mukosal. Virus ini terbagi menjadi 2 tipe berdasarkan epidemiologinya yakni kelompok Low Risk yang dapat menyebabkan lesi serta kelompok High Risk yang berpotensi menyebabkan kanker serviks. Jika dibagi berdasarkan subtipenya, HPV memiliki banyak subtipe, namun HPV yang umumnya dapat menyebabkan kanker adalah tipe 16, 18, dan 52. HPV dengan subtipe 16 dan 18 merupakan jenis yang sering ditemukan hampir di seluruh dunia sementara HPV subtipe 52 merupakan jenis HPV yang sering dijumpai di daerah Asia, termasuk Indonesia. Skrining HPV dilakukan untuk mendeteksi apakah suatu lesi memiliki potensi untuk menjadi kanker atau tidak. Skrining tersebut dapat dilakukan baik secara tes sitologi maupun dengan tes molekular. Di Indonesia, skrining biasanya dilakukan dengan menggunakan Pap Smear sedangkan untuk tes berbasis molekular masih jarang dilakukan. Padahal, tes diagnostik secara molekular diketahui memiliki sensitivitas dan spesifisitas lebih tinggi daripada tes sitologi. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan untuk merancangkan dan mengoptimasi primer untuk mengembangkan tes diagnostik molekuler pendeteksi infeksi HPV. Target perbanyakan yang akan dilakukan dengan metoda PCR berasal dari daerah L1 yang merupakan protein penyusun bagian kapsid. Perancangan primer dilakukan dengan bantuan public domain seperti Primer BLAST, Oligoanalizer, serta dna.utah. Primer yang telah didesain tersebut kemudian dikonfirmasi pada plasmid target yang berisi gen HPV L1. Plasmid target tersebut merupakan plasmid yang mengandung gen L1 dari HPV 16 serta 52. Sebelum dilakukan konfirmasi primer yang telah didesain, dilakukan transformasi plasmid target pada Escherichia coli DH5? untuk dikloning. Dari penelitian ini, didapatkan bahwa primer berhasil di desain dengan rincian L1 HPV forward 5- AGGATGGTGACATGGTGGA-3 dan L1 HPV reverse 5- CATTCGCAAGTAGTCTGGATA-3, suhu annealing yang digunakan untuk HPV52 adalah 55°C. Hasil amplifikasi menggunakan kontrol positif berhasil menunjukkan adanya pita berukuran 100 bp pada plasmid HPV 52. Namun amplifikasi tersebut tidak didapatkan pada kontrol positif plasmid HPV16. Sehingga dapat disimpulkan bahwa pada penelitian ini telah dikembangkan rancangan primer dan kontrol positif untuk deteksi HPV tipe 52, namun masih diperlukan optimasi primer untuk dapat mendeteksi HPV tipe 16.