ANALISIS POTENSI DARI SENYAWA DAUN CARICA PAPAYA SEBAGAI PENGHAMBAT PROTEASE DEMAM BERDARAH: KAJIAN IN SILICO

• Main Author: Nashifuddin Alhakim, Nadhindra
• Format: Final Project
• Language: Indonesia
• Online Access: https://digilib.itb.ac.id/gdl/view/73814
• Institution: Institut Teknologi Bandung

Dengue bisa ditemukan secara hiperendemis di daerah tropis dan subtropis, terutama di daerah urban dan semi-urban. Protease NS2B/NS3 pada virus dengue dikenal sebagai protein penting yang bertanggungjawab pada proses pematangan virus. Hingga saat ini, tidak ada obat yang spesifik untuk mengobati dengue. Oleh karena itu, penelitian terkait pengobatan dengue diperlukan dan salah satu target yang potensial adalah protease NS2B/NS3. Inhibitor NS2B/NS3 protease yang potensial dapat dieksplor melalui data empiris tanaman yang digunakan untuk keperluan medis. Data menunjukkan bahwa Carica papaya, tanaman yang berasal dari area tropis Amerika Tengah dan Meksiko Selatan, sering dibudidayakan dan digunakan untuk keperluan medis seperti dengue. Obyektif: Oleh karena itu tujuan penelitian ini adalah mengkaji dan menentukan senyawa pada daun C. Papaya yang potensial sebagai inhibitor DENV NS2B/NS3 protease berdasarkan kajian in silico. Metodologi: Penelitian diawali dengan kajian literatur untuk mengumpulkan daftar senyawa yang terkandung pada daun C. papaya. Struktur tiga dimensi dari 31 senyawa dimodelkan dengan perangkat lunak Avogadro 1.2.0 dan optimasi geometri dilakukan dengan perangkat lunak ORCA 4.2.1. Kemudian, afinitas terhadap DENV NS2B/NS3 protease dikaji melalui simulasi docking menggunakan perangkat lunak AutoDock 4.2 dan MGLTools 1.5.7. Selain afinitas terhadap protease, prediksi ADMET juga dilakukan untuk senyawa yang potensial dikembangkan sebagai obat oral. Prediksi ADME dilakukan menggunakan SwissADME, sedangkan prediksi toksisitas menggunakan perangkat lunak VEGA 1.2.3. Hasil dan Diskusi: Hasil simulasi docking menunjukkan bahwa seluruh senyawa memiliki afinitas terhadap NS2B/NS3 protease dengan nilai energi bebas pengikatan yang negatif. Namun, hanya 15 senyawa yang memenuhi aturan Lipinski. Investigasi berupa kajian interaksi secara rinci dan prediksi ADMET dilakukan terhadap 7 senyawa terbaik, yaitu dikumarol, luteolin, apigenin, kuersetin, asam kumaroilquinat, kaempferol dan asam kafeat. Kesimpulan: Berdasarkan kajian afinitas terhadap NS2B/NS3 protease dan prediksi ADMET, dua senyawa terbaik yang potensial sebagai kandidat obat anti-dengue oral adalah apigenin, kaempferol. Ketiga senyawa ini memiliki konformasi yang mirip dengan ligan alami NS2B/NS3 protease dan berikatan dengan residu asam amino kunci NS2B/NS3 protease. Kedua senyawa ini dipilih juga karena memenuhi aturan Lipinski yang berhubungan dengan bioavailabilitas sebagai obat oral dan memiliki toksisitas yang relatif rendah.