KO-SIRKULASI VIRUS AVIAN INFLUENZA H5N1 DARI INDONESIA DAN EURASIAN LINEAGES PADA UNGGAS DI PASAR TRADISIONAL LARANGAN, SIDOARJO

• Main Author: ALDISE MARETA NASTRI, 081524153010
• Format: Theses and Dissertations NonPeerReviewed
• Language: English; English
• Published: 2017
• Subjects: QR Microbiology
• Online Access: http://repository.unair.ac.id/61807/1/abstrak.pdf; http://repository.unair.ac.id/61807/2/TESIS%20081524153010.pdf; http://repository.unair.ac.id/61807/
• Institution: Universitas Airlangga

Di Indonesia, virus avian influenza H5N1 telah menjadi endemik pada unggas sejak tahun 2003. Hemaglutinin virus avian influenza H5N1 clade 2.1.3.3 (Indonesia lineage) telah beredar secara eksklusif pada unggas sampai tahun 2012. Untuk pertama kalinya di Indonesia pada bulan Nopember tahun 2012 dilaporkan adanya deteksi terhadap hemaglutinin clade 2.3.2.1 (garis keturunan Eurasia). Tujuan penelitian ini untuk mempelajari adanya ko-sirkulasi dari avian influenza subtipe H5N1 Indonesia dan Eurasian lineages yang masih beredar di pasar tradisional Larangan, Sidoarjo pada tahun 2013-2014, serta untuk mengungkapkan karakter genetiknya. Swab Cloacae dikumpulkan dari ayam, itik, dan kalkun di pasar unggas hidup dan peternakan selama tahun 2013-2014. Virus avian influenza H5N1 diisolasi sebanyak 30 dari 235 sampel swab. Ada 15 isolat yang diperoleh pada tahun 2013 dan 15 isolat pada tahun 2014 diidentifikasi menggunakan uji hemaglutinasi dan one step real time RT-PCR untuk amplifikasi gen H5N1, yang kemudian dilanjutkan dengan pemeriksaan sekuens gen hemaglutinin virus avian influenza. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa semua isolat tahun 2013 termasuk dalam clade 2.3.2.1. Sebaliknya, 4 dari isolat tahun 2014 termasuk dalam clade 2.1.3.3, dan 11 sisanya termasuk dalam clade 2.3.2.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa virus avian influenza H5N1 clade 2.3.2.1 menjadi dominan pada unggas selama tahun 2013. Selain itu, penelitian ini berhasil mengidentifikasi virus avian influenza H5N1 dari kedua keturunan yaitu Indonesia dan Eurasian, pada hari yang sama di tempat yang sama pada awal tahun 2014. Hal ini menunjukkan bahwa penggantian clade belum selesai dan kedua garis keturunan tersebut beredar bersama di Larangan, Sidoarjo.