HUBUNGAN KEKERABATAN CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) BERDASARKAN KESAMAAN SEKUEN COAT PROTEIN GENE MENGGUNAKAN BIOINFORMATIKA

• Main Authors: Daryono, Budi Setiadi, Saraswati, Utari
• Format: Article PeerReviewed
• Language: English
• Published: HAYATI J Biosci 2009
• Subjects: Animal Systematics and Taxonomy; Plant Cell and Molecular Biology
• Online Access: https://repository.ugm.ac.id/273545/1/11.pdf; https://repository.ugm.ac.id/273545/; http://journal.ipb.ac.id/index.php/hayati
• Institution: Universitas Gadjah Mada

Bioinformatika merupakan salah satu cabang ilmu pengetahuan yang menerapkan teknologi informasi untuk mengolah dan menganalisis data-data biologi berupa sekuen nukleotida, protein maupun database lainnya. Pada penelitian ini, bioinformatika digunakan dalam menganalisis sekuen nukleotida coat protein (cp) gene pada berbagai isolat Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV). CGMMV adalah salah satu virus anggota genus Tobamovirus yang dapat menginfeksi tanaman anggota famili Cucurbitaceae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan cp gene antara berbagai isolat CGMMV tersebut menggunakan bioinformatika.<br /> Penelitian ini menggunakan metode browsing pada GenBank dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan analisis data menggunakan software BLAST dalam situs DNA Data Bank of Japan (DDBJ), serta Align dan ClustalW dalam situs European Bioinformatics Institute (EBI) secara online. Data biologi yang dianalisis adalah sekuen nukleotida cp gene dari 13 isolat CGMMV dan satu isolat Kyuri green mottle mosaic virus (KGMMV) sebagai outgroup.<br /> Hasil analisis data menunjukkan bahwa dua pasang isolat CGMMV, yaitu CGMMV- Zucchini dan CGMMV-China serta CGMMV-LHP dan CGMMV-NS, memiliki indeks similaritas tertinggi (100%). Sedangkan indeks similaritas terendah (90.9%) dimiliki oleh pasangan isolat CGMMV-Rajasthan dan CGMMV-GR5. Berdasarkan indeks similaritas tersebut, diperoleh hubungan kekerabatan antara 13 isolat CGMMV yang dapat dikelompokkan menjadi tiga grup, yaitu grup Asia Timur, Asia Selatan dan Eropa.