ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1
วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2546
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Other Authors: | |
| Format: | Theses and Dissertations |
| Language: | Thai |
| Published: |
จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
2008
|
| Subjects: | |
| Online Access: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/6545 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Institution: | Chulalongkorn University |
| Language: | Thai |
| id |
th-cuir.6545 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
th-cuir.65452008-04-08T07:22:22Z ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1 Genes encoding dioxygenase for acenaphthylene degradation in Rhizobium sp. CU-A1 ดวงกมล ธูปมงคล กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์ ยีน อะซีแนพธิลีน ไรโซเบียม วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2546 ได้แยกยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนจาก Rhizobium sp. สายพันธุ์กลาย D2 ที่เกิดจากการสอดแทรกโดยทรานสโปซอน Tn5 และมีความบกพร่องในการย่อยสลายอะซีแนพธิลีน ด้วยเทคนิคเซาท์เธอร์นไฮบริไดเซชันโดยใช้ชิ้นส่วนของทรานสโปซอน Tn5 เป็นดีเอ็นเอติดตาม คัดแยกและโคลนชิ้นดีเอ็นเอที่ให้สัญญาณจากการไฮบริไดซ์ หาลำดับนิวคลีโอไทด์ข้างเคียงทรานสโปซอน จากการเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนที่แปลรหัสมาจากลำดับนิวคลีโอไทด์ขนาด 523 bp ที่ได้กับข้อมูลใน GenBank พบว่าลำดับกรดอะมิโนที่ได้มีความเหมือนกับ alpha subunit ของไดออกซิจีเนสใน Xanthobacter polyaromaticivorans สายพันธุ์ 127W เท่ากับ 69% สร้างดีเอ็นเอติดตามจากชิ้นดีเอ็นเอข้างเคียงทรานสโปซอนดังกล่าวด้วยวิธี PCR สามารถโคลนชิ้นดีเอ็นเอ BamHI-EcoRI ขนาด 5.9 kb ที่ให้สัญญาณกับดีเอ็นเอติดตามเข้ายังพลาสมิด pBluescript KS(+/-) และตั้งชื่อพลาสมิดนี้ว่า pDE จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของชิ้นดีเอ็นเอนี้ พบกรอบอ่านรหัสเปิด (ORFs) ทั้งหมด 5 กรอบ ซึ่งมีทิศทางการถอดรหัสไปทางเดียวกันตามลำดับดังนี้ ORF1 (acnAc) มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 76% กับ alpha subunit ของไดออกซิจีเนสใน Xanthobacter sp. สายพันธุ์ 127W ORF2 (acnAd) มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 60% กับ beta subunit ของไดออกซิจีเนสใน Xanthobacter sp. สายพันธุ์ 127W ORF3 (acnAb) มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 71% กับเฟอร์รีดอกซินของไดออกซิจีเนสใน Xanthobacter sp. สายพันธุ์ 127W ORF4 (acnB) มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 67% กับไดไฮโดรไดออลดีไฮโดรจีเนสใน Xanthobacter sp. สายพันธุ์ 127W ORF5 (acnF) เป็นกรอบอ่านรหัสเปิดที่ไม่สมบูรณ์ มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 65% กับอัลดีไฮด์ดีไฮโดรจีเนสใน Burkholderia sp. สายพันธุ์ RP007 การศึกษานี้เป็นรายงานแรกที่ได้กล่าวถึงยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1 คือ ยีน acnAbAcAd Genes encoding dioxygenase for acenaphthylene degradation from a transposon Tn5-induced Rhizobium sp. mutant strain D2, which is incapable of acenaphthylene degradation, were identified by Southern hybridization technique using transposon Tn5 fragment as DNA probe. DNA fragment with positive signal was isolated and cloned. The nucleotide sequence adjacent to transposon was sequenced. Comparison of amino acid sequence deduced from 523 bp nucleotide sequence with those in GenBank revealed 69% amino acid sequence homology to alpha subunit of dioxygenase from Xanthobacter polyaromaticivorans strain 127W. DNA-probe was generated from the DNA fragment adjacent to transposon by PCR. The 5.9 kb BamHI-EcoRI positive fragment was cloned into pBluescript KS(+/-) and designated as pDE. The 5.9 kb nucleotide sequence revealed 5 Open Reading Frames (ORFs) in the same transcriptional orientation as following; ORF1 (acnAc) showed 76% homology to alpha subunit of dioxygenase from Xanthobacter sp. 127W; ORF2 (acnAd) showed 60% homology to beta subunit of dioxygenase from Xanthobacter sp. 127W; ORF3 (acnAb) showed 71% homology to ferredoxin of dioxygenase from Xanthobacter sp. 127W; ORF4 (acnB) showed 67% homology to dihydrodiol dehydrogenase from Xanthobacter sp. 127W; ORF5 (acnF), an incomplete ORF, showed 65% homology to aldehyde dehydrogenase from Burkholderia sp. RP007. This study is the first report of genes, acnAbAcAd, encoding dioxygenase for acenaphthylene degradation in Rhizobium sp. CU-A1 2008-04-08T07:22:22Z 2008-04-08T07:22:22Z 2546 Thesis 9741749066 http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/6545 th จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย 2331942 bytes application/pdf application/pdf จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| institution |
Chulalongkorn University |
| building |
Chulalongkorn University Library |
| country |
Thailand |
| collection |
Chulalongkorn University Intellectual Repository |
| language |
Thai |
| topic |
ยีน อะซีแนพธิลีน ไรโซเบียม |
| spellingShingle |
ยีน อะซีแนพธิลีน ไรโซเบียม ดวงกมล ธูปมงคล ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1 |
| description |
วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2546 |
| author2 |
กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์ |
| author_facet |
กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์ ดวงกมล ธูปมงคล |
| format |
Theses and Dissertations |
| author |
ดวงกมล ธูปมงคล |
| author_sort |
ดวงกมล ธูปมงคล |
| title |
ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1 |
| title_short |
ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1 |
| title_full |
ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1 |
| title_fullStr |
ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1 |
| title_full_unstemmed |
ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. CU-A1 |
| title_sort |
ยีนประมวลรหัสไดออกซิจีเนสสำหรับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน rhizobium sp. cu-a1 |
| publisher |
จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| publishDate |
2008 |
| url |
http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/6545 |
| _version_ |
1681412540082421760 |