Digital signal processing analysis of DNA sequences
Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2003
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Other Authors: | |
| Format: | Theses and Dissertations |
| Language: | English |
| Published: |
Chulalongkorn University
2009
|
| Subjects: | |
| Online Access: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/9639 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Institution: | Chulalongkorn University |
| Language: | English |
| id |
th-cuir.9639 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
th-cuir.96392009-08-05T04:13:04Z Digital signal processing analysis of DNA sequences การวิเคราะห์การประมวลผลสัญญาณดิจิทัลของลำดับดีเอ็นเอ Araya Wiwatwanich Paisan Nakmahachalasint Preprame Pattanamahakul Rath Pichyangkura Chulalongkorn University. Faculty of Science Signal processing -- Digital techniques Nucleotide sequence Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2003 DNA spectra plot can fairly indicate exon locations. The main goal of this work is to apply the Digital Signal Processing techniques to predict exon locations more accurately. A group of genes from Caenorhibtidis elegans was used to test the methods. In spectral analysis process, a DNA sequence was transformed to binary sequences by 4 mapping rules depending on nucleotides, amino acids, hydrophobicity, and codon bias, respectively. The triplet-periodicity discovered in exons stands out only when we used 4 binary indicator sequences corresponding to 4 nucleotides. The optimized spectral content measure proposed by Anasstasiou was developed. Alternating samples used in the optimization problem shown that it is not necessary to use a very large sample. The attempt to discriminate between exons and introns of the same genes succeeded in reducing unwanted peaks. รูปพล็อตของสเป็คตราของดีเอ็นเอสามารถใช้ทำนายตำแหน่งของเอ็กซอนได้ในระดับหนึ่ง จุดมุ่งหมายของงานวิจัยนี้คือการประยุกต์เทคนิคของการประมวลผลสัญญาณดิจิทัลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการทำนาย โดยใช้ยีนจำนวนหนึ่งจาก Caenorhibtidis elegans มาทดสอบวิธีการในกระบวนการวิเคราะห์สเป็คตรา ดีเอ็นเอลำดับใดๆจะถูกแปลงไปเป็นลำดับของเลขฐานสองโดยใช้กฎการแปลง 4 แบบซึ่งขึ้นอยู่กับชนิดของนิวคลิโอไทด์, ชนิดของกรดอะมิโน, การชอบน้ำไม่ชอบน้ำของกรดอะมิโน, และ ตำแหน่งในโคดอน ตามลำดับ พบว่าการแปลงตามชนิดของนิวคลิโอไทด์เป็นการแปลงแบบเดียวที่บ่งชี้ว่าลำดับดีเอ็นเอมีคาบเป็น 3 ได้อย่างชัดเจน สเป็คตราที่มาจากการแก้ปัญหาค่าสูงสุดได้ถูกปรับปรุง โดยมีการปรับเปลี่ยนตัวอย่างของเอ็กซอนและอินทรอนที่เหมาะสมเพื่อใช้ในปัญหาค่าสูงสุด พบว่าตัวอย่างดังกล่าวไม่จำเป็นต้องยาวจนเกินไป และการใช้ตัวอย่างของเอ็กซอนและอินทรอนที่มาจากยีนเดียวกันจะช่วยลดจำนวนยอดแหลมที่ไม่ต้องการในรูปพล็อตได้ 2009-08-05T04:13:03Z 2009-08-05T04:13:03Z 2003 Thesis 9741753764 http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/9639 en Chulalongkorn University 2088587 bytes application/pdf application/pdf Chulalongkorn University |
| institution |
Chulalongkorn University |
| building |
Chulalongkorn University Library |
| country |
Thailand |
| collection |
Chulalongkorn University Intellectual Repository |
| language |
English |
| topic |
Signal processing -- Digital techniques Nucleotide sequence |
| spellingShingle |
Signal processing -- Digital techniques Nucleotide sequence Araya Wiwatwanich Digital signal processing analysis of DNA sequences |
| description |
Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2003 |
| author2 |
Paisan Nakmahachalasint |
| author_facet |
Paisan Nakmahachalasint Araya Wiwatwanich |
| format |
Theses and Dissertations |
| author |
Araya Wiwatwanich |
| author_sort |
Araya Wiwatwanich |
| title |
Digital signal processing analysis of DNA sequences |
| title_short |
Digital signal processing analysis of DNA sequences |
| title_full |
Digital signal processing analysis of DNA sequences |
| title_fullStr |
Digital signal processing analysis of DNA sequences |
| title_full_unstemmed |
Digital signal processing analysis of DNA sequences |
| title_sort |
digital signal processing analysis of dna sequences |
| publisher |
Chulalongkorn University |
| publishDate |
2009 |
| url |
http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/9639 |
| _version_ |
1681413282218377216 |