Identification and Functional Study of Long Non-coding RNA Involved in White Spot Syndrome Virus Infection in White Shrimp, Litopenaeus vannamei
Master of Science (Molecular Biotechnology and Bioinformatics(International Program)), 2023
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Other Authors: | |
| Format: | Theses and Dissertations |
| Language: | English |
| Published: |
Prince of Songkla University
2024
|
| Subjects: | |
| Online Access: | http://kb.psu.ac.th/psukb/handle/2016/19410 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Institution: | Prince of Songkhla University |
| Language: | English |
| id |
th-psu.2016-19410 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| institution |
Prince of Songkhla University |
| building |
Khunying Long Athakravi Sunthorn Learning Resources Center |
| continent |
Asia |
| country |
Thailand Thailand |
| content_provider |
Khunying Long Athakravi Sunthorn Learning Resources Center |
| collection |
PSU Knowledge Bank |
| language |
English |
| topic |
Long non-coding RNA white spot syndrome virus white shrimp transcriptome |
| spellingShingle |
Long non-coding RNA white spot syndrome virus white shrimp transcriptome Ifwa Wirasit Identification and Functional Study of Long Non-coding RNA Involved in White Spot Syndrome Virus Infection in White Shrimp, Litopenaeus vannamei |
| description |
Master of Science (Molecular Biotechnology and Bioinformatics(International Program)), 2023 |
| author2 |
Ponsit Sathapondecha |
| author_facet |
Ponsit Sathapondecha Ifwa Wirasit |
| format |
Theses and Dissertations |
| author |
Ifwa Wirasit |
| author_sort |
Ifwa Wirasit |
| title |
Identification and Functional Study of Long Non-coding RNA Involved in White Spot Syndrome Virus Infection in White Shrimp, Litopenaeus vannamei |
| title_short |
Identification and Functional Study of Long Non-coding RNA Involved in White Spot Syndrome Virus Infection in White Shrimp, Litopenaeus vannamei |
| title_full |
Identification and Functional Study of Long Non-coding RNA Involved in White Spot Syndrome Virus Infection in White Shrimp, Litopenaeus vannamei |
| title_fullStr |
Identification and Functional Study of Long Non-coding RNA Involved in White Spot Syndrome Virus Infection in White Shrimp, Litopenaeus vannamei |
| title_full_unstemmed |
Identification and Functional Study of Long Non-coding RNA Involved in White Spot Syndrome Virus Infection in White Shrimp, Litopenaeus vannamei |
| title_sort |
identification and functional study of long non-coding rna involved in white spot syndrome virus infection in white shrimp, litopenaeus vannamei |
| publisher |
Prince of Songkla University |
| publishDate |
2024 |
| url |
http://kb.psu.ac.th/psukb/handle/2016/19410 |
| _version_ |
1800917842152914944 |
| spelling |
th-psu.2016-194102024-05-29T02:12:58Z Identification and Functional Study of Long Non-coding RNA Involved in White Spot Syndrome Virus Infection in White Shrimp, Litopenaeus vannamei การระบุและศึกษาหน้าที่ของอาร์เอ็นเอสายยาวที่ไม่แปลรหัสต่อการติดเชื้อตัวแดงดวงขาวของกุ้งขาว Ifwa Wirasit Ponsit Sathapondecha Faculty of Science (Molecular Biotechnology and Bioinformatics) คณะวิทยาศาสตร์ สาขาวิชาชีววิทยาโมเลกุลและชีวสารสนเทศ Long non-coding RNA white spot syndrome virus white shrimp transcriptome Master of Science (Molecular Biotechnology and Bioinformatics(International Program)), 2023 Long non-coding RNA (lncRNA) is a promising class of regulators that plays a significant role in various biological processes, such as immune regulation, repro duction, and development. Despite extensive viral transcriptome studies across various organisms, the role of lncRNAs in shrimp's viral responses remains uncertain. This study aims to uncover potential lncRNAs and their role in white shrimp's response to white spot syndrome virus (WSSV) infection. The WSSV-infected hepatopancreas transcriptome revealed 44,539 putative lncRNAs from 221,347 unigenes. Among them, 32 displayed differential expression between WSSV-infected and control shrimp. To validate the findings, five candidate lncRNAs were selected and assessed their expression levels in response to WSSV infection, and in tissues of the shrimp. We investigated the role of a specific lncRNA, lnc164, in the response of L. vannamei to WSSV infection. Knockdown of lnc164 led to increased survival of infected shrimp, suggesting its involvement in shrimp immunity. However, lnc164 did not directly influence total hemocyte count or viral loads in the shrimp's hemolymph. To explore a set of lnc164-regulated genes, RNA sequencing was perform and revealed 251 differentially expressed transcripts, then 6 immune-related genes were validated. The study provided valuable information about lncRNA profiles in response to WSSV infection and paved the way for understanding lnc164's role in the shrimp's antiviral response. 1. Research assistant, Faculty of Science Research Fund, Prince of Songkla University, Contract no. 1-2564-02-008, 2. National Research Council of Thailand (NRCT), Grant No. N42A650383 อาร์เอ็นเอสายยาวที่ไม่แปลรหัส (long non-coding RNA, lncRNA) เป็นหนึ่งในชีวโมเลกุลที่มีศักยภาพเชิงควบคุมในกระบวนการชีวภาพ เช่น การควบคุมระบบภูมิคุ้มกัน การสืบพันธุ์ และการเจริญเติบโต ในปัจจุบันการศึกษาเกี่ยวกับทรานสคริปโตม (transcriptomic study) ได้มีการพุ่งเป้าไปที่การติดเชื้อไวรัสในสิ่งมีชีวิตต่างๆ ทว่า บทบาทของ lncRNAs ที่ตอบสนองต่อไวรัสในกุ้งยังไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด จึงนำมาสู่การศึกษาในครั้งนี้โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อระบุ lncRNAs จากทรานสคริปโตมของกุ้งขาว และศึกษาบทบาทของ lncRNA ในการตอบสนองต่อการติดเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาว (white spot syndrome virus, WSSV) จากผลการวิเคราะห์ข้อมูลทรานสคริปโตมจากตับของกุ้งระหว่างกลุ่มติดเชื้อ WSSV และกลุ่มควบคุมโดยใช้เครื่องมือชีวสารสนเทศนั้น สามารถระบุ lncRNAs เป็นจำนวนทั้งสิ้น 44,539 เส้น จากทรานสคริปทั้งหมด 221,347 เส้น และพบว่ามี lncRNA เพียง 32 ตัวที่ตอบสนองต่อการติดเชื้อ WSSV อย่างมีนัยสำคัญ lncRNA จำนวน 5 ตัวถูกนำมาทดสอบการแสดงออกในเนื้อเยื่อต่างๆของกุ้ง และต่อการติดเชื้อ WSSV และได้เลือก lnc164 มาศึกษาหน้าที่ต่อการติดเชื้อ WSSV โดยใช้เทคนิกอาร์เอ็นเออินเตอร์เฟเรนซ์ (RNA interference) ทั้งนี้ การลดระดับของ lnc164 ช่วยชะลอการตายของกุ้งเมื่อติดเชื้อ WSSV ซึ่งทำให้เห็นความสำคัญของ lnc164 ต่อระบบคุ้มกันของกุ้ง อนึ่ง การลดระดับของ lnc164 ไม่ได้มีความสัมพันธ์ต่อจำนวนเม็ดเลือดของกุ้ง รวมไปถึงจำนวนไวรัสในเลือดเมื่อกุ้งติดเชื้อ WSSV ต่อมาในการศึกษากลุ่มของยีนที่ควบคุมโดย lnc164 นั้น เราได้ทำ RNA sequencing พบว่ายีน 251 ตัวมีการตอบสนองต่อการลดระดับของ lnc164 ในตับของกุ้ง จากนั้นยีน 6 ตัวที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันได้ถูกนำมาศึกษารูปแบบการแสดงออกในตับกุ้งเมื่อมีการลดระดับของ lnc164 โดยเทคนิกเรียลไทม์พีซีอาร์ (realtime-PCR) ทั้งนี้ การศึกษาข้างต้นได้นำมาซึ่งความเข้าใจในบทบาทของ lncRNA ในกุ้งขาวมากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในแง่ของการตอบสนองต่อการติดเชื้อไวรัส ทั้งยังแสดงให้เห็นหน้าที่เชิงควบคุมของ lnc164 ในกระบวนการป้องกันไวรัสตัวแดงดวงขาวของกุ้งขาว ซึ่งเป็นแนวทางแก่การศึกษาหน้าที่เชิงลึกของ lncRNA ที่เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อไวรัสในอนาคต 2024-05-29T02:11:36Z 2024-05-29T02:11:36Z 2023 Thesis http://kb.psu.ac.th/psukb/handle/2016/19410 en Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Thailand http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/th/ application/pdf Prince of Songkla University |