The genome sequence of taurine cattle: A window to ruminant biology and evolution

by Elsik, C.G., Worley, K.C., Gibbs, R.A., Muzny, D.M., Weinstock, G.M., Chacko, J., Chandrabose, M.M., Cree, A., Dao, M.D., Dinh, H.H., Gabisi, R.A., Hines, S., Hume, J., Jhangiani, S.N., Joshi, V., Kovar, C.L., Lewis, L.R., Liu, Y.-S., Lopez, J., Morgan, M.B., Nguyen, N.B., Okwuonu, G.O., Ruiz, S.J., Santibanez, J., Wright, R.A., Buhay, C., Ding, Y., Dugan-Rocha, S., Herdandez, J., Holder, M., Sabo, A., Egan, A., Goodell, J., Wilczek-Boney, K., Fowler, G.R., Hitchens, M.E., Lozado, R.J., Moen, C., Steffen, D., Warren, J.T., Zhang, J., Durbin, K.J., Havlak, P., Jiang, H., Liu, Y., Qin, X., Ren, Y.Song, H., Bell, S.N., Davis, C., Johnson, A.J., Lee, S., Nazareth, L.V., Patel, B.M., Pu, L.-L., Vattathil, S., Williams, Jr. R.L., Curry, S., Hamilton, C., Sodergren, E., Wheeler, D.A., Reese, J.T., Childers, C.P., Bennett, A.K., Hagen, D.E., Bahadue, S.M., Donohue, K.E., Jamis, C., Khalil, S.S., Lee, J.C.-M., Poslusny, N., Rosenwald, A., Shen, L., Urbanski, J.M., Anzola, J.M., Dickens, C.M., Salih, H., Gill, C.A., Abbey, C.A., Boldt, C.R., Chapin, J.E., Choi, J., Gladney, C.J., Muntean, C.T., Romero, N.E., Welsh, Jr. T.H., Wunderlich, K.R., Tellam, R.L., Dalrymple, B., Barris, W., McWilliam, S., Ratnakumar, A., Ingham, A., Sando, L., Lutzow, Y.S., Waardenberg, A.J., Adelson, D.L., Eichler, E.E., Chen, L., Cheng, Z., Elnitski, L., Yang, M.Q., Guigo, R., Alioto, T., Chappie, C.E., Camara, F., Hamernik, D.L., Kappes, S.M., Lewin, H.A., Schook, L., Donthu, R., Larkin, D.M., Biase, F.H., Kumar, C.G., Rodriguez-Zas, S.L., Lynn, D.J., Brinkman, F.S.L., Whiteside, M.D., Nicholas, F.W., Reymond, A., Chrast, J., Henrichsen, C.N., Rijnkels, M., Hadsell, D.L., Skow, L.C., Brinkmeyer-Larigford, C.L., Fritz, K., Nandakumar, H.P., Zdobnov, E.M., Antonarakis, S.E., Ucla, C., Wyss, C., Gerlach, D., Junier, T., Womack, J., Astashyn, A., Chen, H.-C., Ermolaeva, O., Hlavina, W., Kapustin, Y., Kiryutin, B., Kitts, P., Landrum, M., Maglott, D., Pruitt, K., Sapojnikov, V., Souvorov, A., Kokocinski, F., Searle, S.M., Gilbert, J.G.R., Harrow, J.L., Hart, E.A., Wilming, L.G., Solovyev, V., Elhaik, E., Graur, D., Edgar, R.C., McEwan, J.C., Payne, G.M., Raison, J.M., Kriventseva, E.V., Eyras, E., Plass, M., Reecy, J., Spurlock, D., Cheng, Y., Hu, Z.-L., Rachagani, S., Chitko-McKown, C.G., Bennett, G.L., Harhay, G.P., Keele, J.W., Smith, T., Snelling, W.M., Stone, R.T., Liu, G.E., Matukumalli, L.K., Sonstegard, T.S., Van, Tassell C.P., Song, J., Zhu, B., Bradley, D.G., Lau, L.P.L., Walker, A., Wheeler, T.T., Molenaar, A.J., Casey, T., Halgren, R., German, J.B., Lemay, D.G., Martin, W.F., Maqbool, N.J., Seo, S., Stothard, P., Guan, L., Moore, S.S., Taniguchi, M., Grant, J.R., Kolbehdari, D., Marques, E., Sherman, L., Wang, Z., Baldwin, C.L., Herzig, C.T.A., Baxter, R., Glass, E.J., Jann, O., Hastings, N., Jensen, K., Leach, R., Brown, W.C., Lahmers, K.K., Kerr, T., White, S.N., Connelley, T., Ellis, S.A., Livanainen, A., Iivanainen, A., Aerts, J., Caetano, A.R., DeCampos, T.A., De, Miranda Santos I.K.F., Martins, N.F., Garcia, J.F., Almeida, L.G., Cervelatti, E.P., Moreno, B.T., Pastor, R.C.P., Utsunomiya, Y.T., Riggs, P.K., Hiendleder, S.G., Fitzsimmons, C.J., Memili, E., Williams, J.L., Genini, S., Kapetis, D., Malinverni, R., Panzitta, F., Alexander, L., Roberts, A., Waterman, R.C., MacNeil, M.D., Brownstein, M.J., Holt, R.A., Jones, S.J.M., Marra, M.A., Moore, R., Chiu, R., Schein, J.E., Shen, Y., Eggen, A., Green, R.D., Hobbs, M., Tammen, I., Kent, M.P., Lien, S., McKay, S.D., Schnabel, R.D., Taylor, J.F., Green, J.A., Telugu, B.P.V.L., Sugimoto, Y., Takasuga, A., Abatepaulo, A.R.R., Anatriello, E., Carvalho, W.A., De, Oliveira C.J.F., Franzin, A.M., Garcia, G.R., Maruyama, S.R., More, D.D., Ahola, V., Iso-Touru, T., Amadio, A.F., Carroll, J.A., Chacko, E., Ranganathan, S., Colley, A.J., Pant, S.D., Verschoor, C.P., De, Donato M., Deobald, H., McLean, K.L., Schmutz, S.M., Devinoy, E., Dove, P., Razpet, A., Eberlein, A., WeiKard, R., Greaser, M.L., Hakimov, H.A., Hernandez, M., Khatib, H., Kumar, D., Li, C., Logan, K.M., Mazza, R., Medrano, J.F., Rincon, G., Nogueira, M.F.G., Olsaker, I., Poli, M.A., Rodriguez-Osorio, N., Southey, B.R., Sweedler, J.V., Ward, R., Yang, J., Zhao, F.-Q.
Published 2011

Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

by Grapotte, Mathys, Saraswat, Manu, Bessière, Chloé, Menichelli, Christophe, Ramilowski, Jordan A., Severin, Jessica, Hayashizaki, Yoshihide, Itoh, Masayoshi, Tagami, Michihira, Murata, Mitsuyoshi, Kojima-Ishiyama, Miki, Noma, Shohei, Noguchi, Shuhei, Kasukawa, Takeya, Hasegawa, Akira, Suzuki, Harukazu, Nishiyori-Sueki, Hiromi, Frith, Martin C., Abugessaisa, Imad, Aitken, Stuart, Aken, Bronwen L., Alam, Intikhab, Alam, Tanvir, Alasiri, Rami, Alhendi, Ahmad M. N., Alinejad-Rokny, Hamid, Alvarez, Mariano J., Andersson, Robin, Arakawa, Takahiro, Araki, Marito, Arbel, Taly, Archer, John, Archibald, Alan L., Arner, Erik, Arner, Peter, Asai, Kiyoshi, Ashoor, Haitham, Astrom, Gaby, Babina, M., Baillie, J.K., Bajic, V.B., Bajpai, A., Baker, S., Baldarelli, R.M., Balic, A., Bansal, M., Batagov, A.O., Batzoglou, S., Beckhouse, A.G., Beltrami, A.P., Beltrami, C.A., Bertin, Nicolas, Bhattacharya, S., Bickel, P.J., Blake, J.A., Blanchette, M., Bodega, B., Bonetti, A., Bono, H., Bornholdt, J., Bttcher, M., Bougouffa, S., Boyd, M., Breda, J., Brombacher, F., Brown, J.B., Bult, C.J., Burroughs, A.M., Burt, D.W., Busch, A., Caglio, G., Califano, A., Cameron, C.J., Cannistraci, C.V., Carbone, A., Carlisle, A.J., Carninci, Piero, Carter, K.W., Cesselli, D., Chang, J.-C., Chen, J.C., Chen, Y., Chierici, M., Christodoulou, J., Ciani, Y., Clark, E.L., Coskun, M., Dalby, M., Dalla, E., Daub, C.O., Davis, C.A., de Hoom, Michiel J. L., de Rie, D., Denisenko, E., Deplancke, B., Detmar, M., Deviatiiarov, R., Di Bernardo, D., Diehl, A.D., Dieterich, L.C., Dimont, E., Djebali, S., Dohi, T., Dostie, J., Drablos, F., Edge, A.S.B., Edinger, M., Ehrlund, A., Ekwall, K., Elofsson, A., Endoh, M., Enomoto, H., Enomoto, S., Faghihi, M., Fagiolini, M., Farach-Carson, M.C., Faulkner, G.J., Favorov, A., Fernandes, A.M., Ferrai, C., Forrest, A.R.R., Forrester, L.M., Forsberg, M., Fort, A., Francescatto, M., Freeman, T.C., Frith, Martin C., Fukuda, S., Funayama, M., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, C., Gao, H., Gazova, I., Gebhard, C., Geier, F., Geijtenbeek, T.B.H., Ghosh, S., Ghosheh, Y., Gingeras, T.R., Gojobori, T., Goldberg, T., Goldowitz, D., Gough, J., Greco, D., Gruber, A.J., Guhl, S., Guigo, R., Guler, R., Gusev, O., Gustincich, S., Ha, T.J., Haberle, V., Hale, P., Hallstrom, B.M., Hamada, M., Handoko, L., Hara, M., Harbers, M., Harrow, J., Harshbarger, J., Hase, T., Hasegawa, Akira, Hashimoto, K., Hatano, T., Hattori, N., Hayashi, R., Hayashizaki, Yoshihide, Herlyn, M., Hettne, K., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K.J., Sui, S.H., ’t Hoen, P.A.C., Hon, C.C., Hori, F., Horie, M., Horimoto, K., Horton, P., Hou, R., Huang, E., Huang, Y., Hugues, R., Hume, D., Ienasescu, H., Iida, K., Ikawa, T., Ikemura, T., Ikeo, K., Inoue, N., Ishizu, Y., Ito, Y., Itoh, Masayoshi, Ivshina, A.V., Jankovic, B.R., Jenjaroenpun, P., Johnson, R., Jorgensen, M., Jorjani, H., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kajiyama, K., Kaliyaperumal, R., Kaminuma, E., Kanaya, T., Kaneda, H., Kapranov, P., Kasianov, A.S., Kasukawa, Takeya, Katayama, T., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawaji, H., Kawamoto, H., Kawamura, Y.I., Kawasaki, S., Kawashima, T., Kempfle, J.S., Kenna, T.J., Kere, J., Khachigian, L., Kiryu, H., Kishima, M., Kitajima, H., Kitamura, T., Kitano, H., Klaric, E., Klepper, K., Klinken, S.P., Kloppmann, E., Knox, A.J., Kodama, Y., Kogo, Y., Kojima, M., Kojima, S., Komatsu, N., Komiyama, H., Kono, T., Koseki, H., Koyasu, S., Kratz, A., Kukalev, A., Kulakovskiy, I., Kundaje, A., Kunikata, H., Kuo, R., Kuo, T., Kuraku, S., Kuznetsov, V.A., Kwon, T.J., Larouche, M., Lassmann, T., Law, A., Le-Cao, K.-A., Lecellier, C.-H., Lee, W., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Li, R., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Lopez, G., Magi, S., Mak, G.K., Makeev, V., Manabe, R., Mandai, M., Mar, J., Maruyama, K., Maruyama, T., Mason, E., Mathelier, A., Matsuda, H., Medvedeva, Y.A., Meehan, T.F., Mejhert, N., Meynert, A., Mikami, N., Minoda, A., Miura, H., Miyagi, Y., Miyawaki, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Morioka, M., Morishita, S., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mukarram, A.K., Mummery, C.L., Mungall, C.J., Murakawa, Y., Muramatsu, M., Murata, Mitsuyoshi, Nagasaka, K., Nagase, T., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakai, K., Nakamura, K., Nakamura, Y., Nakamura, Y., Nakazawa, T., Nason, G.P., Nepal, C., Nguyen, Q.H., Nielsen, L.K., Nishida, K., Nishiguchi, K.M., Nishiyori, H., Nitta, K., Noguchi, Shuhei, Noma, Shohei, Notredame, C., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohno, H., Ohshima, M., Ohtsu, T., Okada, Y., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Oksvold, P., Orlando, V., Ow, G.S., Ozturk, M., Pachkov, M., Paparountas, T., Parihar, S.P., Park, S.-J., Pascarella, G., Passier, R., Persson, H., Philippens, I.H., Piazza, S., Plessy, C., Pombo, A., Ponten, F., Poulain, S., Poulsen, T.M., Pradhan, S., Prezioso, C., Pridans, C., Qin, X.-Y., Quackenbush, J., Rackham, O., Ramilowski, Jordan A., Ravasi, T., Rehli, M., Rennie, S., Rito, T., Rizzu, P., Robert, C., Roos, M., Rost, B., Roudnicky, F., Roy, R., Rye, M.B., Sachenkova, O., Saetrom, P., Sai, H., Saiki, S., Saito, M., Saito, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sakaue, S., Sakaue-Sawano, A., Sandelin, A., Sano, H., Sasamoto, Y., Sato, H., Saxena, A., Saya, H., Schafferhans, A., Schmeier, S., Schmidl, C., Schmocker, D., Schneider, C., Schueler, M., Schultes, E.A., Schulze-Tanzil, G., Semple, C.A., Seno, S., Seo, W., Sese, J., Severin, Jessica, Sheng, G., Shi, J., Shimoni, Y., Shin, J.W., SimonSanchez, J., Sivertsson, A., Sjostedt, E., Soderhall, C., Laurent, G.S., Stoiber, M.H., Sugiyama, D., Summers, K.M., Suzuki, A.M., Suzuki, Harukazu, Suzuki, K., Suzuki, M., Suzuki, N., Suzuki, T., Swanson, D.J., Swoboda, R.K., Tagami, Michihira, Taguchi, A., Takahashi, H., Takahashi, M., Takamochi, K., Takeda, S., Takenaka, Y., Tam, K.T., Tanaka, H., Tanaka, R., Tanaka, Y., Tang, D., Taniuchi, I., Tanzer, A., Tarui, H., Taylor, M.S., Terada, A., Terao, Y., Testa, A.C., Thomas, M., Thongjuea, S., Tomii, K., Triglia, E.T., Toyoda, H., Tsang, H.G., Tsujikawa, M., Uhlén, M., Valen, E., van de Wetering, M., van Nimwegen, E., Velmeshev, D., Verardo, R., Vitezic, M., Vitting-Seerup, K., von Feilitzen, K., Voolstra, C.R., Vorontsov, I.E., Wahlestedt, C., Wasserman, Wyeth W., Watanabe, K., Watanabe, S., Wells, C.A., Winteringham, L.N., Wolvetang, E., Yabukami, H., Yagi, K., Yamada, T., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yamamoto, Y., Yamamoto, Y., Yamanaka, Y., Yano, K., Yasuzawa, K., Yatsuka, Y., Yo, M., Yokokura, S., Yoneda, M., Yoshida, E., Yoshida, Y., Yoshihara, M., Young, R., Young, R.S., Yu, N.Y., Yumoto, N., Zabierowski, S.E., Zhang, P.G., Zucchelli, S., Zwahlen, M., Chatelain, Clement, Carninci, Piero, de Hoom, Michiel J. L., Wasserman, Wyeth W., Bréhélin, L., Lecellier, C.-H., FANTOM consortium.
Published 2022