The Constrained Maximal Expression Level Owing to Haploidy Shapes Gene Content on the Mammalian X Chromosome

by Hurst L.D., Ghanbarian A.T., Forrest A.R.R., Huminiecki L., Rehli M., Kenneth Baillie J., de Hoon M.J.L., Haberle V., Lassmann T., Kulakovskiy I.V., Lizio M., Itoh M., Andersson R., Mungall C.J., Meehan T.F., Schmeier S., Bertin N., J?rgensen M., Dimont E., Arner E., Schmidl C., Schaefer U., Medvedeva Y.A., Plessy C., Vitezic M., Severin J., Semple C.A., Ishizu Y., Young R.S., Francescatto M., Alam I., Albanese D., Altschuler G.M., Arakawa T., Archer J.A.C., Arner P., Babina M., Baker S., Balwierz P.J., Beckhouse A.G., Pradhan S., Blake J.A., Blumenthal A., Bodega B., Bonetti A., Briggs J., Brombacher F., Maxwell Burroughs A., Califano A., Cannistraci C.V., Carbajo D., Chen Y., Chierici M., Ciani Y., Clevers H.C., Dalla E., Davis C.A., Detmar M., Diehl A.D., Dohi T., Drabl?s F., Edge A.S.B., Edinger M., Ekwall K., Endoh M., Enomoto H., Fagiolini M., Fairbairn L., Fang H., Farach-Carson M.C., Faulkner G.J., Favorov A.V., Fisher M.E., Frith M.C., Fujita R., Fukuda S., Furlanello C., Furuno M., Furusawa J.-I., Geijtenbeek T.B., Gibson A., Gingeras T., Goldowitz D., Gough J., Guhl S., Guler R., Gustincich S., Ha T.J., Hamaguchi M., Hara M., Harbers M., Harshbarger J., Hasegawa A., Hasegawa Y., Hashimoto T., Herlyn M., Hitchens K.J., Ho Sui S.J., Hofmann O.M., Hoof I., Hori F., Huminiecki L., Iida K., Ikawa T., Jankovic B.R., Jia H., Joshi A., Jurman G., Kaczkowski B., Kai C., Kaida K., Kaiho A., Kajiyama K., Kanamori M., Kasianov A.S., Kasukawa T., Katayama S., Kato S., Kawaguchi S., Kawamoto H., Kawamura Y.I., Kawashima T., Kempfle J.S., Kenna T.J., Kere J., Khachigian L.M., Kitamura T., Peter Klinken S., Knox A.J., Kojima M., Kojima S., Kondo N., Koseki H., Koyasu S., Krampitz S., Kubosaki A., Kwon A.T., Laros J.F.J., Lee W., Lennartsson A., Li K., Lilje B., Lipovich L., Mackay A., Manabe R., Mar J.C., Marchand B., Mathelier A., Mejhert N., Meynert A., Mizuno Y., de Lima Morais D.A., Morikawa H., Morimoto M., Moro K., Motakis E., Motohashi H., Mummery C.L., Murata M., Nagao S., Nakachi Y., Nakahara F., Nakamura T., Nakamura Y., Nakazato K., van Nimwegen E., Ninomiya N., Nishiyori H., Noma S., Nozaki T., Ogishima S., Ohkura N., Ohmiya H., Ohno H., Ohshima M., Okada M., Okazaki Y., Orlando V., Ovchinnikov D.A., Pain A., Passier R., Patrikakis M., Persson H., Piazza S., Prendergast J.G.D., Rackham O.J.L., Ramilowski J.A.
Published 2019

Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

by Grapotte, Mathys, Saraswat, Manu, Bessière, Chloé, Menichelli, Christophe, Ramilowski, Jordan A., Severin, Jessica, Hayashizaki, Yoshihide, Itoh, Masayoshi, Tagami, Michihira, Murata, Mitsuyoshi, Kojima-Ishiyama, Miki, Noma, Shohei, Noguchi, Shuhei, Kasukawa, Takeya, Hasegawa, Akira, Suzuki, Harukazu, Nishiyori-Sueki, Hiromi, Frith, Martin C., Abugessaisa, Imad, Aitken, Stuart, Aken, Bronwen L., Alam, Intikhab, Alam, Tanvir, Alasiri, Rami, Alhendi, Ahmad M. N., Alinejad-Rokny, Hamid, Alvarez, Mariano J., Andersson, Robin, Arakawa, Takahiro, Araki, Marito, Arbel, Taly, Archer, John, Archibald, Alan L., Arner, Erik, Arner, Peter, Asai, Kiyoshi, Ashoor, Haitham, Astrom, Gaby, Babina, M., Baillie, J.K., Bajic, V.B., Bajpai, A., Baker, S., Baldarelli, R.M., Balic, A., Bansal, M., Batagov, A.O., Batzoglou, S., Beckhouse, A.G., Beltrami, A.P., Beltrami, C.A., Bertin, Nicolas, Bhattacharya, S., Bickel, P.J., Blake, J.A., Blanchette, M., Bodega, B., Bonetti, A., Bono, H., Bornholdt, J., Bttcher, M., Bougouffa, S., Boyd, M., Breda, J., Brombacher, F., Brown, J.B., Bult, C.J., Burroughs, A.M., Burt, D.W., Busch, A., Caglio, G., Califano, A., Cameron, C.J., Cannistraci, C.V., Carbone, A., Carlisle, A.J., Carninci, Piero, Carter, K.W., Cesselli, D., Chang, J.-C., Chen, J.C., Chen, Y., Chierici, M., Christodoulou, J., Ciani, Y., Clark, E.L., Coskun, M., Dalby, M., Dalla, E., Daub, C.O., Davis, C.A., de Hoom, Michiel J. L., de Rie, D., Denisenko, E., Deplancke, B., Detmar, M., Deviatiiarov, R., Di Bernardo, D., Diehl, A.D., Dieterich, L.C., Dimont, E., Djebali, S., Dohi, T., Dostie, J., Drablos, F., Edge, A.S.B., Edinger, M., Ehrlund, A., Ekwall, K., Elofsson, A., Endoh, M., Enomoto, H., Enomoto, S., Faghihi, M., Fagiolini, M., Farach-Carson, M.C., Faulkner, G.J., Favorov, A., Fernandes, A.M., Ferrai, C., Forrest, A.R.R., Forrester, L.M., Forsberg, M., Fort, A., Francescatto, M., Freeman, T.C., Frith, Martin C., Fukuda, S., Funayama, M., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, C., Gao, H., Gazova, I., Gebhard, C., Geier, F., Geijtenbeek, T.B.H., Ghosh, S., Ghosheh, Y., Gingeras, T.R., Gojobori, T., Goldberg, T., Goldowitz, D., Gough, J., Greco, D., Gruber, A.J., Guhl, S., Guigo, R., Guler, R., Gusev, O., Gustincich, S., Ha, T.J., Haberle, V., Hale, P., Hallstrom, B.M., Hamada, M., Handoko, L., Hara, M., Harbers, M., Harrow, J., Harshbarger, J., Hase, T., Hasegawa, Akira, Hashimoto, K., Hatano, T., Hattori, N., Hayashi, R., Hayashizaki, Yoshihide, Herlyn, M., Hettne, K., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K.J., Sui, S.H., ’t Hoen, P.A.C., Hon, C.C., Hori, F., Horie, M., Horimoto, K., Horton, P., Hou, R., Huang, E., Huang, Y., Hugues, R., Hume, D., Ienasescu, H., Iida, K., Ikawa, T., Ikemura, T., Ikeo, K., Inoue, N., Ishizu, Y., Ito, Y., Itoh, Masayoshi, Ivshina, A.V., Jankovic, B.R., Jenjaroenpun, P., Johnson, R., Jorgensen, M., Jorjani, H., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kajiyama, K., Kaliyaperumal, R., Kaminuma, E., Kanaya, T., Kaneda, H., Kapranov, P., Kasianov, A.S., Kasukawa, Takeya, Katayama, T., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawaji, H., Kawamoto, H., Kawamura, Y.I., Kawasaki, S., Kawashima, T., Kempfle, J.S., Kenna, T.J., Kere, J., Khachigian, L., Kiryu, H., Kishima, M., Kitajima, H., Kitamura, T., Kitano, H., Klaric, E., Klepper, K., Klinken, S.P., Kloppmann, E., Knox, A.J., Kodama, Y., Kogo, Y., Kojima, M., Kojima, S., Komatsu, N., Komiyama, H., Kono, T., Koseki, H., Koyasu, S., Kratz, A., Kukalev, A., Kulakovskiy, I., Kundaje, A., Kunikata, H., Kuo, R., Kuo, T., Kuraku, S., Kuznetsov, V.A., Kwon, T.J., Larouche, M., Lassmann, T., Law, A., Le-Cao, K.-A., Lecellier, C.-H., Lee, W., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Li, R., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Lopez, G., Magi, S., Mak, G.K., Makeev, V., Manabe, R., Mandai, M., Mar, J., Maruyama, K., Maruyama, T., Mason, E., Mathelier, A., Matsuda, H., Medvedeva, Y.A., Meehan, T.F., Mejhert, N., Meynert, A., Mikami, N., Minoda, A., Miura, H., Miyagi, Y., Miyawaki, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Morioka, M., Morishita, S., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mukarram, A.K., Mummery, C.L., Mungall, C.J., Murakawa, Y., Muramatsu, M., Murata, Mitsuyoshi, Nagasaka, K., Nagase, T., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakai, K., Nakamura, K., Nakamura, Y., Nakamura, Y., Nakazawa, T., Nason, G.P., Nepal, C., Nguyen, Q.H., Nielsen, L.K., Nishida, K., Nishiguchi, K.M., Nishiyori, H., Nitta, K., Noguchi, Shuhei, Noma, Shohei, Notredame, C., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohno, H., Ohshima, M., Ohtsu, T., Okada, Y., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Oksvold, P., Orlando, V., Ow, G.S., Ozturk, M., Pachkov, M., Paparountas, T., Parihar, S.P., Park, S.-J., Pascarella, G., Passier, R., Persson, H., Philippens, I.H., Piazza, S., Plessy, C., Pombo, A., Ponten, F., Poulain, S., Poulsen, T.M., Pradhan, S., Prezioso, C., Pridans, C., Qin, X.-Y., Quackenbush, J., Rackham, O., Ramilowski, Jordan A., Ravasi, T., Rehli, M., Rennie, S., Rito, T., Rizzu, P., Robert, C., Roos, M., Rost, B., Roudnicky, F., Roy, R., Rye, M.B., Sachenkova, O., Saetrom, P., Sai, H., Saiki, S., Saito, M., Saito, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sakaue, S., Sakaue-Sawano, A., Sandelin, A., Sano, H., Sasamoto, Y., Sato, H., Saxena, A., Saya, H., Schafferhans, A., Schmeier, S., Schmidl, C., Schmocker, D., Schneider, C., Schueler, M., Schultes, E.A., Schulze-Tanzil, G., Semple, C.A., Seno, S., Seo, W., Sese, J., Severin, Jessica, Sheng, G., Shi, J., Shimoni, Y., Shin, J.W., SimonSanchez, J., Sivertsson, A., Sjostedt, E., Soderhall, C., Laurent, G.S., Stoiber, M.H., Sugiyama, D., Summers, K.M., Suzuki, A.M., Suzuki, Harukazu, Suzuki, K., Suzuki, M., Suzuki, N., Suzuki, T., Swanson, D.J., Swoboda, R.K., Tagami, Michihira, Taguchi, A., Takahashi, H., Takahashi, M., Takamochi, K., Takeda, S., Takenaka, Y., Tam, K.T., Tanaka, H., Tanaka, R., Tanaka, Y., Tang, D., Taniuchi, I., Tanzer, A., Tarui, H., Taylor, M.S., Terada, A., Terao, Y., Testa, A.C., Thomas, M., Thongjuea, S., Tomii, K., Triglia, E.T., Toyoda, H., Tsang, H.G., Tsujikawa, M., Uhlén, M., Valen, E., van de Wetering, M., van Nimwegen, E., Velmeshev, D., Verardo, R., Vitezic, M., Vitting-Seerup, K., von Feilitzen, K., Voolstra, C.R., Vorontsov, I.E., Wahlestedt, C., Wasserman, Wyeth W., Watanabe, K., Watanabe, S., Wells, C.A., Winteringham, L.N., Wolvetang, E., Yabukami, H., Yagi, K., Yamada, T., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yamamoto, Y., Yamamoto, Y., Yamanaka, Y., Yano, K., Yasuzawa, K., Yatsuka, Y., Yo, M., Yokokura, S., Yoneda, M., Yoshida, E., Yoshida, Y., Yoshihara, M., Young, R., Young, R.S., Yu, N.Y., Yumoto, N., Zabierowski, S.E., Zhang, P.G., Zucchelli, S., Zwahlen, M., Chatelain, Clement, Carninci, Piero, de Hoom, Michiel J. L., Wasserman, Wyeth W., Bréhélin, L., Lecellier, C.-H., FANTOM consortium.
Published 2022