PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST

PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST

Paparan sinar UV secara terus menerus dapat menyebabkan terjadinya photoaging yang diawali dari inflamasi pada kulit. Keadaan tersebut dapat mengaktivasi cathepsin L yang dapat mendegradasi matriks ekstraselular dan kolagen pada kulit. Oleh karena itu, cathepsin L dijadikan salah satu target antia...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Main Author: Rizkia Fabelle, Nabilla
Format: Final Project
Language:Indonesia
Online Access:https://digilib.itb.ac.id/gdl/view/46653
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Institution: Institut Teknologi Bandung
Language: Indonesia
id id-itb.:46653
spelling id-itb.:466532020-03-10T11:02:40ZPREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST Rizkia Fabelle, Nabilla Indonesia Final Project Cathepsin L, molecular docking, molecular dynamics, uji toksisitas INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG https://digilib.itb.ac.id/gdl/view/46653 Paparan sinar UV secara terus menerus dapat menyebabkan terjadinya photoaging yang diawali dari inflamasi pada kulit. Keadaan tersebut dapat mengaktivasi cathepsin L yang dapat mendegradasi matriks ekstraselular dan kolagen pada kulit. Oleh karena itu, cathepsin L dijadikan salah satu target antiaging yang sampai saat ini masih terus dikembangkan. Tiga jenis tanaman khas Indonesia yaitu tahongai (Kleinhovia hospita), kemiri (Aleurites moluccana), dan pegagan (Centella asiatica) dipercaya secara turun menurun memiliki efek antiinflamasi. Tujuan penelitian ini yaitu untuk memprediksi aktivitas 31 senyawa yang terkandung dalam tahongai, kemiri, dan pegagan sebagai inhibitor cathepsin L dan tingkat toksisitasnya. Ketiga puluh satu senyawa ini, dioptimasi strukturnya dengan menggunakan Chimera 1.13.1rc and ChemBio 3D Ultra 12.0. Adapun studi interaksi seperti molecular docking dilakukan dengan menggunakan Autodock 4.2.6 dan untuk simulasi molecular dynamics digunakan Amber 18. Analisis interaksi molekul dilakukan dengan menggunakan Ligand Scout 4.2.1 dan Biovia Discovery Studio 2017. Pada uji toksisitas, program ADMET Predictor 7.1 digunakan. Berdasarkan hasil penambatan molekul dan dinamika molekul????ÿ?±ð?í?????????ð????ð?± !????????-Amyrin, dan castiliferol memberikan nilai energi ikat lebih rendah dari kontrol positif (-27.0925, -28.6813, dan -26.0037 kcal/mol) serta menunjukkan adanya interaksi ­±?ã•?????±????ð­????????±????±????????ð ??????????????????????????????????????????????????­•?????????????????????????•­• ­•±????•í ????????­ð ????ð????ð •ÿ????ð»?????• ????•?ã ¢±????­±ÿ•????•? dengan residu triad catalytic. Ketiga senyawa tersebut telah melalui uji toksistas yang meliputi uji sensitisasi, mutagenisitas, karsinogenisitas, serta toksisitas lingkungan. Berdasarkan serangkaian hasil uji, ­•????•????­ð????ð??????????ÿ•?¢•í????• ????±?????•????• ????-Amyrin merupakan kandidat terbaik karena energi ikat yang rendah serta aman. text
institution Institut Teknologi Bandung
building Institut Teknologi Bandung Library
continent Asia
country Indonesia
Indonesia
content_provider Institut Teknologi Bandung
collection Digital ITB
language Indonesia
description Paparan sinar UV secara terus menerus dapat menyebabkan terjadinya photoaging yang diawali dari inflamasi pada kulit. Keadaan tersebut dapat mengaktivasi cathepsin L yang dapat mendegradasi matriks ekstraselular dan kolagen pada kulit. Oleh karena itu, cathepsin L dijadikan salah satu target antiaging yang sampai saat ini masih terus dikembangkan. Tiga jenis tanaman khas Indonesia yaitu tahongai (Kleinhovia hospita), kemiri (Aleurites moluccana), dan pegagan (Centella asiatica) dipercaya secara turun menurun memiliki efek antiinflamasi. Tujuan penelitian ini yaitu untuk memprediksi aktivitas 31 senyawa yang terkandung dalam tahongai, kemiri, dan pegagan sebagai inhibitor cathepsin L dan tingkat toksisitasnya. Ketiga puluh satu senyawa ini, dioptimasi strukturnya dengan menggunakan Chimera 1.13.1rc and ChemBio 3D Ultra 12.0. Adapun studi interaksi seperti molecular docking dilakukan dengan menggunakan Autodock 4.2.6 dan untuk simulasi molecular dynamics digunakan Amber 18. Analisis interaksi molekul dilakukan dengan menggunakan Ligand Scout 4.2.1 dan Biovia Discovery Studio 2017. Pada uji toksisitas, program ADMET Predictor 7.1 digunakan. Berdasarkan hasil penambatan molekul dan dinamika molekul????ÿ?±ð?í?????????ð????ð?± !????????-Amyrin, dan castiliferol memberikan nilai energi ikat lebih rendah dari kontrol positif (-27.0925, -28.6813, dan -26.0037 kcal/mol) serta menunjukkan adanya interaksi ­±?ã•?????±????ð­????????±????±????????ð ??????????????????????????????????????????????????­•?????????????????????????•­• ­•±????•í ????????­ð ????ð????ð •ÿ????ð»?????• ????•?ã ¢±????­±ÿ•????•? dengan residu triad catalytic. Ketiga senyawa tersebut telah melalui uji toksistas yang meliputi uji sensitisasi, mutagenisitas, karsinogenisitas, serta toksisitas lingkungan. Berdasarkan serangkaian hasil uji, ­•????•????­ð????ð??????????ÿ•?¢•í????• ????±?????•????• ????-Amyrin merupakan kandidat terbaik karena energi ikat yang rendah serta aman.
format Final Project
author Rizkia Fabelle, Nabilla
spellingShingle Rizkia Fabelle, Nabilla
PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST
author_facet Rizkia Fabelle, Nabilla
author_sort Rizkia Fabelle, Nabilla
title PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST
title_short PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST
title_full PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST
title_fullStr PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST
title_full_unstemmed PREDICTION OF INTERACTION USING MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS OF NATURAL COMPOUNDS FROM SEVERAL PLANTS AS CATHEPSIN L INHIBITOR AND ITS TOXICITY PREDICTION TEST
title_sort prediction of interaction using molecular docking and molecular dynamics of natural compounds from several plants as cathepsin l inhibitor and its toxicity prediction test
url https://digilib.itb.ac.id/gdl/view/46653
_version_ 1822271244101222400

Similar Items