DETERMINATION OF DESIGN FOR TETRAMERIZATION OF DIMERIC MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE FROM STAPHYLOCOCCUS EQUORUM USING IN-SILICO APPROACH

• Main Author: Muhammad, Abykhair
• Format: Final Project
• Language: Indonesia
• Online Access: https://digilib.itb.ac.id/gdl/view/56534
• Institution: Institut Teknologi Bandung

Superoksida dismutase mangan rekombinan dari Staphylococcus equorum (rMnSODSeq) telah dimodifikasi untuk meningkatkan stabilitasnya sebagai agen terapi. Aktifitas enzim ini bergantung pada stabilitas dimernya dan bentuk oligomer yang lebih tinggi tampak dapat meningkatkan stabilitas enzim. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan desain protein untuk tetramerisasi rMnSODSeq. SOD tetramer dari keluarga Mn/FeSOD yang ada di alam digunakan dalam penelitian ini sebagai kandidat untuk menjadi acuan struktur dan dianggap sebagai acuan yang layak berdasarkan kemiripan struktur dengan rMnSODSeq dan termostabilitasnya. Hasil penilitian menunjukkan bahwa MnSOD mitokondrial manusia (MnSODH) dan MnSOD dari Thermus thermophilus (MnSODThe) adalah kandidat terbaik yang dapat digunakan sebagai acuan struktur. Kedua acuan saling berbeda dikarenakan konformasi monomer yang berbeda dan karenanya menghasilkan konfigurasi yang saling berbeda juga. Desain berdasarkan konfigurasi MnSODH membutuhkan modifikasi pada bagian Leu39-Gln68 untuk memasukkan struktur hairpin MnSODH yang terlibat pada tetramerisasi. Desain berdasarkan konfigurasi MnSODThe memerlukan modifikasi lebih sedikit yakni Asp61Ala, Asn134Ala, Asp135Leu, and Lys154Leu untuk mencegah clashes dan menciptakan lingkungan hidrofobik pada antarmuka tetramer.