ANALISIS MOLEKULER GEN rpoB Mycobacterium tuberculosis PADA PASIEN MULTIDRUG RESISTANT TUBERKULOSIS (MDR-TB) DI RSUD dr. SOETOMO

• Main Author: SARWAN ADI KUSUMO, 081411431008
• Format: Theses and Dissertations NonPeerReviewed
• Language: Indonesian; Indonesian
• Published: 2018
• Subjects: RC306-320.5 Tuberculosis
• Online Access: http://repository.unair.ac.id/78187/1/KKC%20KK%20MPB.37-18%20Kus%20a%20ABSTRAK.pdf; http://repository.unair.ac.id/78187/2/KKC%20KK%20MPB.37-18%20Kus%20a%20SKRIPSI.pdf; http://repository.unair.ac.id/78187/; http://lib.unair.ac.id
• Institution: Universitas Airlangga

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui susunan basa nukleotida gen rpoB Mycobacterium tuberculosis pasien multidrug resistant tuberkulosis (MDRTB) di RSUD dr. Soetomo, perbedaan urutan basa nukleotida dalam sampel, dan perbedaan urutan basa nukleotida sampel dengan sequence gen rpoB M. tuberculosis H37Rv dari GenBank. Sampel yang digunakan adalah sputum pasien terkonfirmasi MDR-TB oleh GeneXpert yang didapatkan dari RSUD dr. Soetomo yang didekontaminasi menggunakan metode Modified Alkali Petroff dan dilakukan isolasi DNA total dengan Bacteria DNA Preparation Kit. Gen rpoB Mycobacterium tuberculosis diamplifikasi dari DNA total menggunakan primer primer Pol B-5A dan Pol B-5B dan My Taq™ HS Red Mix. Produk hasil amplifikasi dielektroforesis untuk memverifikasi keberadaan fragmen gen rpoB M. tuberculosis sebesar 619 bp. Sequence hasil sequencing dianalisis mengggunakan program Geneious R11 dan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Hasil sequence sampel post trimming gen rpoB M. tuberculosis memiliki ukuran 502-524 bp yang terletak pada basa ke 1281-1804. Keempat sampel sequence gen rpoB M. tuberculosis memiliki persentase kesamaan genetik 100% di dalam populasi sampel. Hasil konsensus multiple sequence alignment menunjukkan bahwa sequence gen rpoB M. tuberculosis sampel tidak memiliki urutan basa yang berbeda dengan sequence gen rpoB M. tuberculosis H37Rv, complete genome (accession number AL 123456.3, CP007027.1, CP009480.1, dan CP003248.2) yang merupakan strain wild type dan menjadi reference sequence dalam penelitian ini.