Improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles
Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2004
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Other Authors: | |
| Format: | Theses and Dissertations |
| Language: | English |
| Published: |
Chulalongkorn University
2007
|
| Subjects: | |
| Online Access: | http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/3625 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Institution: | Chulalongkorn University |
| Language: | English |
| id |
th-cuir.3625 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
th-cuir.36252007-12-27T08:23:30Z Improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles การปรับปรุงเวลาของกำหนดการพลวัตสำหรับแฮพลอไทป์ขนาดยาวในปัญหาการอนุมานแฮพลอไทป์ในพันธุประวัติที่มีการขาดหายของแอลลีล Amares Kotcharat Chidchanok Lursinsap Human genome Dynamic programming Genetics Genetic recombination Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2004 This study concerns with the problem of inferring haplotypes from a genotype data for each member in a pedigree using a minimum-recombinant criterion, which is useful for reducing the cost of typical laboratory techniques. Most available methods for finding the exact solutions of this problem showed the feasibility for only short haplotypes. Based on the recent method that uses a dynamic programming algorithm, we propose some improvements to make it feasible with long haplotypes and able to work with the data containing some missing alleles. Our improvements also allow the occurrence of a few Mendelian inconsistent alleles which can possibly appear in the data. The experimental results show that the computing time of our method outperforms the original method for the case of inferring long haplotypes (more than 20 loci) in a moderate-size pedigree (15-25 members) งานวิจัยนี้เกี่ยวข้องกับปัญหาการอนุมานแฮพลอไทป์จากข้อมูลจีโนไทป์ของสมาชิกแต่ละคนในพันธุ์ประวัติโดยใช้เกณฑ์การเกิดรีคอมบิเนชันน้อยที่สุดซึ่งมีประโยชน์ในการลดค่าใช้จ่ายของเทคนิคเชิงปฏิบัติการในทางตรง โดยส่วนใหญ่แล้ววิธีที่ใช้หาผลเฉลยแม่นตรงของปัญหาการอนุมานแฮพลอไทป์แบบนี้จะเหมาะสมกับแฮพลอไทป์ขนาดสั้นเท่านั้น จากงานวิจัยหนึ่งซึ่งใช้วิธีกำหนดการพลวัตในการแก้ปัญหานี้ เราได้นำเสนอการปรับปรุงบางอย่างเพื่อให้วิธีดังกล่าวมีความเหมาะสมกับการอนุมานแฮพลอไทป์ขนาดยาวและสามารถใช้กับข้อมูลที่มีการขาดหายของแอลลีล รวมทั้งยังมีการปรับปรุงให้ใช้ได้กับกรณีที่มีบางแอลลีลไม่สอดคล้องกับหลักการถ่ายทอดของเมนเดล ผลการทดลองแสดงให้เห็นว่าวิธีการที่นำเสนอให้ผลในแง่ของเวลาในการคำนวณดีกว่าวิธีเดิม เมื่อใช้กับการอนุมานแฮพลอไทป์ขนาดยาว (มากกว่า 20 ตำแหน่ง) ในพันธุประวัติขนาดปานกลาง (15-25 คน) 2007-07-04T09:20:45Z 2007-07-04T09:20:45Z 2004 Thesis 9741765053 http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/3625 en Chulalongkorn University 1554735 bytes application/pdf application/pdf Chulalongkorn University |
| institution |
Chulalongkorn University |
| building |
Chulalongkorn University Library |
| country |
Thailand |
| collection |
Chulalongkorn University Intellectual Repository |
| language |
English |
| topic |
Human genome Dynamic programming Genetics Genetic recombination |
| spellingShingle |
Human genome Dynamic programming Genetics Genetic recombination Amares Kotcharat Improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles |
| description |
Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2004 |
| author2 |
Chidchanok Lursinsap |
| author_facet |
Chidchanok Lursinsap Amares Kotcharat |
| format |
Theses and Dissertations |
| author |
Amares Kotcharat |
| author_sort |
Amares Kotcharat |
| title |
Improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles |
| title_short |
Improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles |
| title_full |
Improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles |
| title_fullStr |
Improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles |
| title_full_unstemmed |
Improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles |
| title_sort |
improvement of dynamic programming time for a long haplotype in the problem of haplotype inference on a pedigree containing some missing alleles |
| publisher |
Chulalongkorn University |
| publishDate |
2007 |
| url |
http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/3625 |
| _version_ |
1681411029617082368 |