Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

by Grapotte, Mathys, Saraswat, Manu, Bessière, Chloé, Menichelli, Christophe, Ramilowski, Jordan A., Severin, Jessica, Hayashizaki, Yoshihide, Itoh, Masayoshi, Tagami, Michihira, Murata, Mitsuyoshi, Kojima-Ishiyama, Miki, Noma, Shohei, Noguchi, Shuhei, Kasukawa, Takeya, Hasegawa, Akira, Suzuki, Harukazu, Nishiyori-Sueki, Hiromi, Frith, Martin C., Abugessaisa, Imad, Aitken, Stuart, Aken, Bronwen L., Alam, Intikhab, Alam, Tanvir, Alasiri, Rami, Alhendi, Ahmad M. N., Alinejad-Rokny, Hamid, Alvarez, Mariano J., Andersson, Robin, Arakawa, Takahiro, Araki, Marito, Arbel, Taly, Archer, John, Archibald, Alan L., Arner, Erik, Arner, Peter, Asai, Kiyoshi, Ashoor, Haitham, Astrom, Gaby, Babina, M., Baillie, J.K., Bajic, V.B., Bajpai, A., Baker, S., Baldarelli, R.M., Balic, A., Bansal, M., Batagov, A.O., Batzoglou, S., Beckhouse, A.G., Beltrami, A.P., Beltrami, C.A., Bertin, Nicolas, Bhattacharya, S., Bickel, P.J., Blake, J.A., Blanchette, M., Bodega, B., Bonetti, A., Bono, H., Bornholdt, J., Bttcher, M., Bougouffa, S., Boyd, M., Breda, J., Brombacher, F., Brown, J.B., Bult, C.J., Burroughs, A.M., Burt, D.W., Busch, A., Caglio, G., Califano, A., Cameron, C.J., Cannistraci, C.V., Carbone, A., Carlisle, A.J., Carninci, Piero, Carter, K.W., Cesselli, D., Chang, J.-C., Chen, J.C., Chen, Y., Chierici, M., Christodoulou, J., Ciani, Y., Clark, E.L., Coskun, M., Dalby, M., Dalla, E., Daub, C.O., Davis, C.A., de Hoom, Michiel J. 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Hattori, N., Hayashi, R., Hayashizaki, Yoshihide, Herlyn, M., Hettne, K., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K.J., Sui, S.H., ’t Hoen, P.A.C., Hon, C.C., Hori, F., Horie, M., Horimoto, K., Horton, P., Hou, R., Huang, E., Huang, Y., Hugues, R., Hume, D., Ienasescu, H., Iida, K., Ikawa, T., Ikemura, T., Ikeo, K., Inoue, N., Ishizu, Y., Ito, Y., Itoh, Masayoshi, Ivshina, A.V., Jankovic, B.R., Jenjaroenpun, P., Johnson, R., Jorgensen, M., Jorjani, H., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kajiyama, K., Kaliyaperumal, R., Kaminuma, E., Kanaya, T., Kaneda, H., Kapranov, P., Kasianov, A.S., Kasukawa, Takeya, Katayama, T., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawaji, H., Kawamoto, H., Kawamura, Y.I., Kawasaki, S., Kawashima, T., Kempfle, J.S., Kenna, T.J., Kere, J., Khachigian, L., Kiryu, H., Kishima, M., Kitajima, H., Kitamura, T., Kitano, H., Klaric, E., Klepper, K., Klinken, S.P., Kloppmann, E., Knox, A.J., Kodama, Y., Kogo, Y., Kojima, M., Kojima, S., Komatsu, N., Komiyama, H., Kono, T., Koseki, H., Koyasu, S., Kratz, A., Kukalev, A., Kulakovskiy, I., Kundaje, A., Kunikata, H., Kuo, R., Kuo, T., Kuraku, S., Kuznetsov, V.A., Kwon, T.J., Larouche, M., Lassmann, T., Law, A., Le-Cao, K.-A., Lecellier, C.-H., Lee, W., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Li, R., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Lopez, G., Magi, S., Mak, G.K., Makeev, V., Manabe, R., Mandai, M., Mar, J., Maruyama, K., Maruyama, T., Mason, E., Mathelier, A., Matsuda, H., Medvedeva, Y.A., Meehan, T.F., Mejhert, N., Meynert, A., Mikami, N., Minoda, A., Miura, H., Miyagi, Y., Miyawaki, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Morioka, M., Morishita, S., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mukarram, A.K., Mummery, C.L., Mungall, C.J., Murakawa, Y., Muramatsu, M., Murata, Mitsuyoshi, Nagasaka, K., Nagase, T., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakai, K., Nakamura, K., Nakamura, Y., Nakamura, Y., Nakazawa, T., Nason, G.P., Nepal, C., Nguyen, Q.H., Nielsen, L.K., Nishida, K., Nishiguchi, 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Seo, W., Sese, J., Severin, Jessica, Sheng, G., Shi, J., Shimoni, Y., Shin, J.W., SimonSanchez, J., Sivertsson, A., Sjostedt, E., Soderhall, C., Laurent, G.S., Stoiber, M.H., Sugiyama, D., Summers, K.M., Suzuki, A.M., Suzuki, Harukazu, Suzuki, K., Suzuki, M., Suzuki, N., Suzuki, T., Swanson, D.J., Swoboda, R.K., Tagami, Michihira, Taguchi, A., Takahashi, H., Takahashi, M., Takamochi, K., Takeda, S., Takenaka, Y., Tam, K.T., Tanaka, H., Tanaka, R., Tanaka, Y., Tang, D., Taniuchi, I., Tanzer, A., Tarui, H., Taylor, M.S., Terada, A., Terao, Y., Testa, A.C., Thomas, M., Thongjuea, S., Tomii, K., Triglia, E.T., Toyoda, H., Tsang, H.G., Tsujikawa, M., Uhlén, M., Valen, E., van de Wetering, M., van Nimwegen, E., Velmeshev, D., Verardo, R., Vitezic, M., Vitting-Seerup, K., von Feilitzen, K., Voolstra, C.R., Vorontsov, I.E., Wahlestedt, C., Wasserman, Wyeth W., Watanabe, K., Watanabe, S., Wells, C.A., Winteringham, L.N., Wolvetang, E., Yabukami, H., Yagi, K., Yamada, T., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yamamoto, Y., Yamamoto, Y., Yamanaka, Y., Yano, K., Yasuzawa, K., Yatsuka, Y., Yo, M., Yokokura, S., Yoneda, M., Yoshida, E., Yoshida, Y., Yoshihara, M., Young, R., Young, R.S., Yu, N.Y., Yumoto, N., Zabierowski, S.E., Zhang, P.G., Zucchelli, S., Zwahlen, M., Chatelain, Clement, Carninci, Piero, de Hoom, Michiel J. L., Wasserman, Wyeth W., Bréhélin, L., Lecellier, C.-H., FANTOM consortium.
Published 2022

Circulating microRNAs in sera correlate with soluble biomarkers of immune activation but do not predict mortality in ART treated individuals with HIV-1 infection: A case control st...

by Murray D.D., Suzuki K., Law M., Trebicka J., Neuhaus J., Wentworth D., Johnson M., Vjecha M.J., Kelleher A.D., Emery S., Aagaard B., Aragon E., Arnaiz J., Borup L., Clotet B., Dragsted U., Fau A., Gey D., Grarup J., Hengge U., Herrero P., Jansson P., Jensen B., Jensen K., Juncher H., Lopez P., Lundgren J., Matthews C., Mollerup D., Pearson M., Phillips A., Reilev S., Tillmann K., Varea S., Angus B., Babiker A., Cordwell B., Darbyshire J., Dodds W., Fleck S., Horton J., Hudson F., Moraes Y., Pacciarini F., Palfreeman A., Paton N., Smith N., Van Hooff F., Bebchuk J., Collins G., Denning E., DuChene A., Fosdick L., Harrison M., Herman-Lamin K., Krum E., Larson G., Neaton J., Nelson R., Quan K., Quan S., Schultz T., Thompson G., Wyman N., Carey C., Chan F., Cooper D., Courtney-Rodgers D., Drummond F., Harrod M., Jacoby S., Kearney L., Lin E., Pett S., Robson R., Seneviratne N., Stewart M., Watts E., Finley E., Gordin F., Sánchez A., Standridge B., Belloso W., Davey R., Duprez D., Gatell 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Nüesch R., Ruxrungtham K., Pumpradit W., Dangthongdee S., Kiertiburanakul S., Klinbuayaem V., Mootsikapun P., Nonenoy S., Piyavong B., Prasithsirikul W., Raksakulkarn P., Gazzard B.G., Ainsworth J.G., Angus B.J., Barber T.J., Brook M.G., Care C.D., Chadwick D.R., Chikohora M., Churchill D.R., Cornforth D., Dockrell D.H., Easterbrook P.J., Fox P.A., Gomez P.A., Gompels M.M., Harris G.M., Herman S., Jackson A.G.A., Jebakumar S.P.R., Kinghorn G.R., Kuldanek K.A., Larbalestier N., Lumsden M., Maher T., Mantell J., Muromba L., Orkin C.M., Peters S., Peto T.E.A., Portsmouth S.D., Rajamanoharan S., Ronan, Schwenk A., Slinn M.A., Stroud C.J., Thomas R.C., Wansbrough-Jones M.H., Whiles H.J., White D.J., Williams E., Williams G., Youle M., Abrams D.I., Acosta E.A., Adamski A., Antoniskis D., Aragon D.R., Barnett B.J., Baroni C., Barron M., Baxter J.D., Beers D., Beilke M., Bemenderfer, Bernard A., Besch C.L., Bessesen M.T., Bethel J.T., Blue S., Blum J.D., Boarden S., Bolan R.K., Borgman J.B., Brar I., Braxton B.K., Bredeek U.F., Brennan R., Britt D.E., Bulgin-Coleman D., Bullock E., Campbell B., Caras S., Carroll J., Casey K.K., Chiang F., Cindrich R.B., Cohen C., Coley J., Condoluci D.V., Contreras R., Corser J., Cozzolino J., Crane L.R., Daley L., Dandridge D., D'Antuono V., Darcourt Rizo Patron J.G., DeHovitz J.A., DeJesus E., DesJardin J., Dietrich C., Dolce A., Erickson D., Faber L.L., Falbo J., Farrough M.J., Farthing C.F., Ferrell-Gonzalez P., Flynn H., Frank M., Freeman K.F., French N., Friedland G., Fujita N., Gahagan L., Gilson I., Goetz M.B., Goodwin E., Guity C.K., Gulick P., Gunderson E.R., Hale C.M., Hannah K., Henderson H., Hennessey K., Henry W.K., Higgins T., Hodder S.L., Horowitz H.W., Howe-Pittman M., Hubbard J., Hudson R., Hunter H., Hutelmyer C., Insignares M.T., Jackson L., Jenny L., Johnson D.L., Johnson G., Johnson J., Kaatz J., Kaczmarski J., Kagan S., Kantor C., Kempner T., Kieckhaus K., Kimmel N., Klaus B.M., Koeppe J.R., Koirala J., Kopka J., 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Published 2018